“专业硕士与学术硕士最大的差异，一是学制不同，另一个就是前者的学费远远高于后者。”记者从受访的学生口中了解到。学费比学术型硕士高，但通常不享受学术型硕士享有的国家补贴、各类奖学金 —— 在部分地区学费上涨的背景下，专业硕士的读研成本更受本科毕业生的关注。
对于学术型硕士的学费上限，全国性规定已下达。 2013 年，国家财政部、发展改革委、教育部联合发布《关于完善研究生教育投入机制的意见》，提出 2014 年秋季学期起，向所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生收取学费，原则上，硕士生每生每年不超过 8000 元。
但对于全日制专业学位研究生以及目前已按规定实行收费政策的研究生，《意见》的要求是 “ 暂执行原收费政策 ” 。
笔者了解到， 2014 年全日制专业硕士学费的标准，其中四川省、山西省、福建省、宁夏回族自治区专业硕士学费最高限额最低，为每学年 8000 元，江苏省、浙江省、山东省、湖北省、海南省规定专业硕士学费的上限是每学年 1 万元。
天津、广东、广西和贵州等省（区、市）还对不同类别的专业硕士作了详细规定。例如，天津市规定，建筑学硕士、出版硕士等每生每学年不超过 1.8 万元；公共管理硕士、金融硕士等每生每学年不超过 2.8 万元，工商管理硕士每生每学年不超过 4.4 万元。
高校聚集的北京地区，专业硕士学费普遍比其他地区高，以清华大学为例，该校 2014 年研究生学费一览表显示，学术型硕士学费均为 8000 元 / 年，除去应届毕业生不能报考的工商管理硕士（ MBA ）外，专业硕士中学费最高的专业是金融专业（北京），两年 12.8 万元，其次是工程管理专业，两年 9.9 万元。新闻与传播专业硕士的学费也高达 3 万元 / 年。
笔者发现，从目前招考情况看，报考研究生时，通常学术硕士比专业硕士更受考生热捧，专业硕士有时会成为学术型硕士招生调剂的备选。
目前，各校对全日制专业硕士很少提供学业奖学金，而学术型硕士的奖学金覆盖率逐年提高，一些学生疑惑：各院校是不是在以专业硕士的高学费来 “ 养 ” 学术型硕士？专业硕士的高学费是否和办学质量成正比？
在北京师范大学攻读某专业硕士的王林（化名）告诉笔者，他所读的专业硕士学费是一年 1.5 万元，两年共 3 万元，班里只有一个人有机会拿到国家奖学金，并没有助学金等补助。
在专业差异上，王林说： “ 专业硕士和学术硕士都在一起上课，课程都一样。唯一的不同是学术硕士是 3 年，专业硕士是两年。 ”
笔者注意到，王林所在的专业硕士的招生简章中，注明该专业硕士将强化应用型课程和专业实习，建立校内外双导师制，校外兼职导师为 “ 业界具有高级专业技术职务的专家学者，参与学术前沿讲座、专业实习指导、论文指导等多个环节的工作。 ”
王林告诉笔者，该专业并没有为学生安排校外导师，学生第一年结束课程后，第二年开始实习、找工作，在专业实践上并未看出相比于学术硕士的优势。
类似的事情发生在西安交通大学攻读工程硕士专业的李亮（化名）身上。即将读研二的李亮告诉笔者，他所读的专硕学制是两年，学术硕士学制是三年，但都是第一年完成所有课程学习，不同点在于专业硕士尽可能把课都选在了研一上学期，下学期课少就可以把更多的时间用来做实验，而研二的时间要用来找工作。
李亮说，由于学术硕士时间比较充裕，研二一年的时间可以用来做科研，因此老师对学术硕士更加重视，而对专业硕士相对放松。
“ 专硕是培养工程人才，模式应该是和企业联合培养，学硕是培养学术人才，以后就业基本就是研究所和高校任教，但是目前很多专硕跟学硕培养模式都差不多。我们本来应该是学校这边一个导师，企业那边一个，但其实企业那边是没有的。 ” 他说。
李亮并不需要交学费，只有成绩排名靠后的学生需要交 8000 元学费。但是从 2014 年起，西安交通大学新入学的学术硕士和专业硕士都要交学费。
李亮告诉笔者，很多同学对专业硕士的学费提出了质疑。
“ 由于今年开始收学费，而专硕学费比学硕学费又高了好几千，所以有工硕的同学觉得不公平，就到研究生院询问，学校给的说法是，工硕的培养模式是双导师制。 ” 他有些不满意，因为实际情况是大家都只有一个导师，所以专硕的同学觉得这钱交得冤枉。 “ 后来学校见了他们的代表，商量之后就给了额外的奖学金来安抚他们的情绪 ” 。
